W latach 1996–1999 dziekanWydziału Historycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, w latach 1999–2005 prorektor UJ do spraw dydaktyki. Inicjator powołania i były kierownik Zakładu Antropologii Historycznej w Instytucie Historii UJ. Do września 2025 r. wiceprezes Polskiego Towarzystwa Historycznego. Inicjator i organizator Kongresu Zagranicznych Badaczy Dziejów Polski w Krakowie. Autor szeregu książek historycznych, w tym podręcznika akademickiego Historia Polski 1795–1918. Książki Andrzeja Chwalby zostały uhonorowane ponad dwudziestoma nagrodami i wyróżnieniami, krajowymi i międzynarodowymi.
1 stycznia 1977 roku rozpoczął pracę w Instytucie Historii UJ. Zajmował się badaniami nad historią Polski XIX w. w zakładzie kierowanym przez Celinę Bobińską. Doktoryzował się w 1982 roku. Jego praca habilitacyjna, obroniona w 1990, nosi tytuł Socjaliści polscy wobec kultu religijnego (do roku 1914). Tytuł profesora otrzymał w 1995 roku[3].
W 1999 roku zgłoszono jego kandydaturę na Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej. Kandydatura została zaakceptowana przez Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej. 19 stycznia 2000 roku w głosowaniu kolegium IPN zatwierdzono kandydaturę Andrzeja Chwalby i przedstawiono Marszałkowi Sejmu do dalszej procedury wyboru prezesa IPN. 24 stycznia 2000 roku Chwalba złożył rezygnację z ubiegania się o stanowisko prezesa IPN w następstwie podania do wiadomości przez środki publicznego przekazu informacji o jego przynależności do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. 8 lutego 2000 roku rektorska komisja ds. etyki nauczycieli akademickich Uniwersytetu Jagiellońskiego w swej opinii przedstawionej rektorowi sugerowała urlopowanie profesora[4]. 15 lutego Chwalba udał się na półroczny urlop naukowy. W marcu 2000 roku kolegium Instytutu Pamięci Narodowej opublikowało swoje stanowisko w tej sprawie, stwierdzając m.in.: „Tryb wyboru Prezesa Instytutu nie wymaga od kandydatów przedstawienia informacji o przynależności partyjnej dawnej lub obecnej. W związku z tym prof. Chwalba nie wprowadził kolegium świadomie w błąd. Kolegium wyraża ubolewanie z powodu trudności, jakie napotyka profesor na UJ”[5]. Według doniesień medialnych Andrzejowi Chwalbie zarzucono, że świadomie wprowadził kolegium IPN w błąd, a „dopiero po kilku miesiącach okazało się, że profesor postępował zgodnie z trybem wyboru prezesa IPN i nikogo w błąd nie wprowadził”[6].
Andrzej Chwalba był inicjatorem ustanowienia Nagrody im. Henryka Wereszyckiego i Wacława Felczaka, przyznawanej od 2001 roku historykom polskim i zagranicznym za książki poświęcone dziejom Europy Środkowej oraz nagrody dla najlepszego nauczyciela szkół średnich w Krakowie. Był prezesem krakowskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Historycznego (2003–2012). We wrześniu 2004 roku współorganizował XVII Powszechny Zjazd Historyków Polskich w Krakowie. Od 2006 roku jest członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK). W 2007 roku był inicjatorem i organizatorem I Kongresu Zagranicznych Badaczy Dziejów Polski, który od tej pory odbywa się co pięć lat w Krakowie. Odbyły się II Kongres w 2012 i III Kongres w 2017 roku[7].
Do września 2025 r. był wiceprezesem Polskiego Towarzystwa Historycznego, do 2022 r. był wiceprezesem Komitetu Kopca Kościuszki. Jest członkiem: Rady Fundatorów Fundacji Polskiego Czynu Niepodległościowego, Fundacji Pomocy Dzieciom Niewidomym i Niedowidzącym. Był członkiem Rady Naukowej Muzeum Historii Polski, Rady Naukowej Muzeum Historii PRL, Rady Programowej Międzynarodowego Centrum Kultury; członkiem Komitetu Organizacyjnego Światowego Zjazdu Historyków Poznań 2020, przewodniczącym Rady Programowej Muzeum Schindlera w Krakowie; do 6 lutego 2018 r. był członkiem międzynarodowego Kolegium Programowego Muzeum II Wojny Światowej[8]. Jest członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich[9]. Został członkiem rady programowej Fundacji im. Janusza Kurtyki[10].
Opublikował szereg prac poświęconych historii Polski w XIX w. (zwłaszcza podręcznik akademicki: Historia Polski 1795–1918), Rosji i relacjom polsko-rosyjskim (Imperium korupcji, Polacy w służbie Moskali), jak również dziejom Krakowa. W serii Dzieje Krakowa jest autorem dwóch ostatnich tomów, omawiających historię Krakowa w okresie okupacji niemieckiej i w okresie powojennym. Osobne miejsce w twórczości krakowskiego historyka zajmują prace z dziejów najnowszych Polski. W 2019 roku ukazała się książka Zwrotnice dziejów. Alternatywne historie Polski będąca rozmową Chwalby z Wojciechem Harpulą. Książka ma charakter historical fiction i przedstawia alternatywne dzieje Polski[11]. W 2021 roku ukazała się kolejna książka Chwalby i Harpuli Polska–Rosja. Historia obsesji, obsesja historii[12].
W 2006 roku za książkę III Rzeczpospolita. Raport specjalny uhonorowano go Nagrodą Historyczną przyznawaną przez redakcję tygodnika Polityka. W 2018 roku za książkę Wielka Wojna Polaków 1914–1918[14] została uhonorowany Nagrodą im. Janusza Kurtyki[15] oraz główną nagrodą w konkursie im. Oskara Haleckiego Książka Historyczna Roku 2018[16][17].
9 listopada 2023 został powołany w skład Kapituły Orderu Odrodzenia Polski[20]. W 2024 otrzymał Nagrodą im. Joachima Lelewela[21]. W 2025 roku otrzymał nagrodę Wacław Jędrzejewicz History Award przyznawaną przez Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce[22].
Publikacje
1989: Socjaliści polscy wobec kultu religijnego (do 1914)
1992 i 2007: Sacrum i rewolucja: socjaliści polscy wobec praktyk i symboli religijnych (1870–1918)
1993 i 2007: Józef Piłsudski – historyk wojskowości
1994 i 1996: Słownik historii Polski 1939–1948 (redaktor i współautor)
1995, 2001 i 2006: Imperium korupcji w Rosji i w Królestwie Polskim w latach 1861–1917
1997: Czasy „Solidarności”: francuscy związkowcy i NSZZ „Solidarność” 1980–1990
1999 i 2014: Polacy w służbie Moskali
wyróżniona w konkursie im. Jana Długosza
1999 i 2008: Kalendarium dziejów Polski (redaktor naukowy)
2000, 2005 i 2006: Historia Polski 1795–1918
Nagroda KLIO
Nagroda Główna Allianz –„Srebrna Nike”
wyróżnienie w konkursie im. Jana Długosza
2002 i 2011: Kraków w latach 1939–1945
Krakowska Książka Miesiąca – grudzień 2002
wyróżnienie w konkursie czytelniczym „Gazety Wyborczej” „Parady 2002”
Nagroda Ministra Edukacji Narodowej
2004: Kraków w latach 1945–1989
wyróżnienie w konkursie tygodnika „Polityka”
2004, 2005 i 2007: Obyczaje w Polsce. Od średniowiecza do czasów współczesnych (redaktor i współautor)
nagroda w konkursie na najlepszą książkę akademicką z zakresu nauk społecznych „Atena 2005”
nagroda w konkursie na najlepszą książkę roku 2004 „O Pióro Fredry”
2005: III Rzeczpospolita – raport specjalny (2009 – wyd. w jęz. czeskim, 2010 – wyd. w jęz. niemieckim, 2011 – wyd. w jęz. chorwackim, 2013 – wyd. w jęz. bułgarskim)
2005: Polen und der Osten. Herausgegeben von Andrzej Chwalba
2006, 2008, 2012: Nie ufam własnej pamięci: o tajemnicach Krakowa, carskiej i sowieckiej Rosji i nie tylko...: (rozmowy z Andrzejem Chwalbą)
2006: Polska na przestrzeni wieków (współautor)
2007: Historia Polski, t. 1–2 (współautor)
2008: Historia powszechna. Wiek XIX
Nagroda I Stopnia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego
2008: Historia Polski. Polska od 1939 do czasów obecnych (współautor)
2009: Collegium Maius (wydanie w języku angielskim 2010 r.)
2009: Polsko 1989–2008. Dějiny současnosti
2010: Kurze Geschichte der Dritten Republik Polen 1989 bis 2005
2011: Historia powszechna. 1989–2011
2011: Poljska nakon komunizma (1989–2011)
2013: История на Третата полска република
2014: Samobójstwo Europy. Wielka Wojna 1914–1918[23]
Wyróżnienie w Konkursie Imienia Jana Długosza
Książka kwietnia 2014 Magazynu Literackiego Książki
2014: Collegium Novum (z M. Bogdanowską)
2014: 1914–1918. Anatomy of Global Conflict
2014: Pałac Pusłowskich
2015: Ostatni salon PRL
Wyróżnienie w Konkursie Historyczna Książka Roku im. Oskara Haleckiego
2018: Legiony Polskie 1914–1918
2018: Wielka Wojna Polaków 1914–1918
Książka Historyczna Roku. Nagroda w konkursie im. Oskara Haleckiego, 2018[24];
↑Instytut Pamięci Narodowej-I.P.N.KrakówInstytut Pamięci Narodowej-I.P.N., Kraków uczcił święto Konstytucji 3 maja [online], Instytut Pamięci Narodowej – Kraków [dostęp 2021-03-10](pol.).
